१०००३५ TELL Seq लक्ष्य समृद्धी

"

तपशील:

  • उत्पादनाचे नाव: TELL-SeqTM लक्ष्य समृद्धी किट
  • निर्माता: युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी कॉर्पोरेशन
  • केवळ संशोधन वापरासाठी. निदानात वापरण्यासाठी नाही
    प्रक्रिया
  • जीनोमिक डीएनए इनपुट: 5ng आवश्यक, उच्च आण्विक वजन डीएनए
    शिफारस केली

उत्पादन वापर सूचना:

1. परिचय

TELL-SeqTM टार्गेट एनरिचमेंट किट जीनोमिकसाठी डिझाइन केलेले आहे
अनुक्रमांक अनुप्रयोग. सूचनांचे पालन करणे आवश्यक आहे
किटच्या योग्य आणि सुरक्षित वापरासाठी या वापरकर्ता मार्गदर्शकामध्ये दिलेले आहे.

2. किट सामग्री

TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किटमध्ये दोन बॉक्स आहेत
अभिकर्मक:

  • बॉक्स 1: यामध्ये विविध अभिकर्मकांचा समावेश आहे, ज्यात समाविष्ट आहे
    बारकोडिंग एन्झाइम, एक्सोन्यूक्लीज, Tagजिंग एन्झाइम आणि बरेच काही. करू नका
    हे अभिकर्मक ६ पेक्षा जास्त वेळा गोठवा आणि वितळवा.
  • बॉक्स 2: टेल बीड प्लेक्स, वॉश सोल्यूशन समाविष्ट आहे,
    आणि स्टॉप सोल्यूशन. स्टॉप सोल्यूशनची योग्य हाताळणी सुनिश्चित करा कारण
    दिलेल्या सूचनांनुसार.

३. जीनोमिक डीएनए इनपुट शिफारसी

यशस्वी अनुक्रमणासाठी, 5 एनजी जीनोमिक डीएनए आवश्यक आहे. उच्च
TELL-SeqTM सह इष्टतम निकालांसाठी आण्विक वजन डीएनए महत्त्वपूर्ण आहे.
अनुक्रमण.

४. TELL-SeqTM ह्युमन एक्सोम कॅप्चर वर्कफ्लो

वापरकर्ता मार्गदर्शकामध्ये दिलेल्या तपशीलवार कार्यप्रवाहाचे अनुसरण करा
TELL-SeqTM किट वापरून मानवी एक्सोम कॅप्चर करणे.

5. प्रोटोकॉल

चरण-दर-चरण माहितीसाठी वापरकर्ता मार्गदर्शकाच्या प्रोटोकॉल विभागाचा संदर्भ घ्या.
TELL-SeqTM टार्गेट एनरिचमेंट किट वापरण्याच्या सूचना.

वारंवार विचारले जाणारे प्रश्न:

प्रश्न: जर बॉक्स २ मधील स्टॉप सोल्यूशन स्पष्ट नसेल तर मी काय करावे?
किंवा पांढरे अवक्षेपण आहे का?

A: जर स्टॉप सोल्यूशन स्पष्ट नसेल किंवा असेल तर
अवक्षेपण करते, ट्यूबला ३७°C वर गरम करते, कोणत्याही विरघळण्यासाठी व्होर्टेक्स
अवक्षेपण करा आणि पुन्हा निलंबित केलेले द्रावण खोलीच्या तपमानावर साठवा
भविष्यातील वापरासाठी.

"`

TELL-SeqTM लक्ष्य समृद्धी वापरकर्ता मार्गदर्शक
केवळ संशोधन वापरासाठी. निदान प्रक्रियेत वापरण्यासाठी नाही. दस्तऐवज क्रमांक १०००३२-यूएसजी v५.० फेब्रुवारी २०२५

हा दस्तऐवज युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी कॉर्पोरेशनच्या मालकीचा आहे आणि तो केवळ त्याच्या ग्राहकाच्या वापरासाठी येथे वर्णन केलेल्या उत्पादनांच्या वापरासाठी आहे आणि इतर कोणत्याही हेतूंसाठी नाही.
TELL-SeqTM किटचा योग्य आणि सुरक्षित वापर सुनिश्चित करण्यासाठी या दस्तऐवजातील सूचनांचे योग्यरित्या प्रशिक्षित कर्मचाऱ्यांनी काटेकोरपणे पालन केले पाहिजे.
टेलि-सेक्यूटीएम किटच्या चुकीच्या वापरानंतर उद्भवणारी कोणतीही जबाबदारी युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी कॉर्पोरेशन गृहीत धरत नाही.
©2023 युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी कॉर्पोरेशन. सर्व हक्क राखीव.
TELL-SeqTM हा युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग टेक्नॉलॉजी कॉर्पोरेशनचा ट्रेडमार्क आहे. इतर सर्व नावे, लोगो आणि इतर ट्रेडमार्क त्यांच्या संबंधित मालकांची मालमत्ता आहेत.

पुनरावृत्ती इतिहास दस्तऐवज #१०००३२-USG v१.० दस्तऐवज #१०००३२-USG v२.० दस्तऐवज #१०००३२-USG v३.०
डॉक # 100032-USG v4.0
डॉक # 100032-USG v5.0

नोव्हेंबर २०२१ ऑगस्ट २०२२ ऑगस्ट २०२३
ऑगस्ट २०२४ फेब्रुवारी २०२५

सस्पेंशन बफर EZ आणि TELL बीड प्लेक्स पर्यायासह अपडेटेड TELLSeqTM लायब्ररी प्रेप किट V1 सह काम करण्यासाठी प्रारंभिक रिलीज प्रोटोकॉल अपडेट TELL बीड पर्याय काढून टाकला. पुढे जाण्यासाठी फक्त TELL बीड प्लेक्स वापरला जातो. उच्च आण्विक वजन DNA गुणधर्म जतन करण्यासाठी बारकोडिंग प्रक्रियेदरम्यान योग्य ट्यूब रोटेशनच्या महत्त्वपूर्ण टप्प्यासाठी शिफारस केलेल्या मिक्सिंग सिस्टमसह एक टीप आणि एक चित्र जोडले. सामान्य लक्ष्य समृद्धीसाठी वापरकर्ता मार्गदर्शक बदलला. इतर लक्ष्य समृद्धी प्रणालींसह TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप वापरण्याबद्दल अतिरिक्त माहिती जोडली.
TELLSeqTM Illumina® सिक्वेन्सिंग प्राइमर किट (PN 100004 आणि PN 100013) मध्ये प्रायमरचे प्रमाण दुप्पट केले.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

सामग्री सारणी
१. परिचय …………………………………………………………………………………………………………… ४ जीनोमिक डीएनए इनपुट शिफारसी ……………………………………………………………………………. ४
२. किटमधील सामग्री ……………………………………………………………………………………………………………………… ५ टेलिफोन-सेक्शुअली लायब्ररी प्रेप किट, मानक आकार …………………………………………………………………………….. ५ बॉक्स १ पैकी २: टेलिफोन-सेक्शुअली लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स १ व्ही१ ………………………………………………………………… ५ बॉक्स २ पैकी २: टेलिफोन-सेक्शुअली लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स २ व्ही१ ………………………………………………………………… ५ टेलिफोन-सेक्शुअली लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (१-८) किट ……………………………………………………………………………. ६ टेलि-सेकटीएम लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (९-१६) किट ………………………………………………………………….. ७ टेलि-सेकटीएम लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (१७-२४) किट …………………………………………………………………………… ७ टेलि-सेकटीएम इल्युमिना® सिक्वेन्सिंग प्राइमर किट …………………………………………………………………………….. ७ टेलि-सेकटीएम इल्युमिना® सिक्वेन्सिंग प्राइमर किट, एचटी …………………………………………………………………………….. ८ टेलि-सेकटीएम टार्गेट ब्लॉकर (पीएन १०००१९) ………………………………………………………………………………………. ८
३. उपभोग्य वस्तू आणि उपकरणे (दिलेली नाहीत) ……………………………………………………………………………. ९ उपभोग्य वस्तू……………………………………………………………………………………………….. ९ *वापरकर्त्याच्या सुविधेत कोणती प्रणाली उपलब्ध आहे यावर अवलंबून असते. ……………………………………………………….. ९ उपकरणे …………………………………………………………………………………………………………….. ९
४. TELL-SeqTM ह्युमन एक्सोम कॅप्चर वर्कफ्लो …………………………………………………………………. १० ५. प्रोटोकॉल ………………………………………………………………………………………………………………………. ११
A. TELL-SeqTM WGS लायब्ररी तयारी……………………………………………………………………………………………… ११ बारकोड डीएनए…………………………………………………………………………………………………………………… ११ डीएनए स्थिर करा …………………………………………………………………………………………………………….. १४ Tagडीएनए………………………………………………………………………………………………………….. १४ मणी धुवा ………………………………………………………………………………………………………………………. १५ Ampलाईफ लायब्ररी …………………………………………………………………………………………………………….. १७ लायब्ररी साफ करा …………………………………………………………………………………………………. १८ लक्ष्य समृद्धीसाठी लायब्ररी पात्र आणि परिमाणित करा …………………………………………………………………………… २१ ब. लक्ष्य समृद्धीसाठी श्योर सिलेक्ट करा ………………………………………………………………………………………. २३ एक्सोम कॅप्चर पॅनेलमध्ये टेल-सेकटीएम लायब्ररी हायब्रिडाइज करा ……………………………………………………… २३ स्ट्रेप्टाव्हिडिन-लेपित चुंबकीय मणी तयार करा ……………………………………………………………………………. २५ स्ट्रेप्टाव्हिडिन-लेपित मणी वापरून हायब्रिडाइज्ड डीएनए कॅप्चर करा ……………………………………………………….. २६ Ampकॅप्चर केलेल्या लायब्ररीचे वर्गीकरण करा ……………………………………………………………………………………………….. २७ कॅप्चर केलेल्या लायब्ररीची साफसफाई करा ……………………………………………………………………………………………… २८ कॅप्चर केलेल्या लायब्ररीचे क्रमवारीसाठी पात्रता आणि प्रमाण निश्चित करा……………………………………………………………….. २९
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

1. परिचय
हे प्रोटोकॉल TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट आणि Agilent® SureSelect टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टमच्या संयोजनाचा वापर करून हायब्रिडायझेशन कॅप्चरद्वारे टार्गेट एनरिचमेंट इंडेक्स्ड पेअर्ड-एंड TELL-SeqTM लायब्ररी कशी तयार करायची हे स्पष्ट करते. TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट सिस्टम IDT आणि ट्विस्ट बायोसायन्सेस सारख्या इतर टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टमशी देखील सुसंगत आहे. TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट इल्युमिना® सिक्वेन्सिंग सिस्टममधून बारकोड लिंक्ड रीड्स जनरेट करण्यासाठी पेअर्ड-एंड लायब्ररी तयार करण्यासाठी एक नाविन्यपूर्ण ट्रान्सपोसेज एन्झाइम लिंक्ड लॉन्ग-रीड सिक्वेन्सिंग (TELL-SeqTM) तंत्रज्ञान वापरते. Agilent® SureSelect टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टम अत्यंत विशिष्ट कॅप्चर प्रोब वापरून लक्ष्यित प्रदेशांचे समृद्धीकरण करण्यास अनुमती देते. प्रत्येक टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टममध्ये प्रोबचा एक अद्वितीय पॅनेल असतो जो विशिष्ट प्रदेशांना कॅप्चर करण्यास अनुमती देतो जो TELL-SeqTM लायब्ररीशी सुसंगत आहे.
जीनोमिक डीएनए इनपुट शिफारसी
या प्रोटोकॉलसाठी 5ng जीनोमिक डीएनए आवश्यक आहे. यशस्वी TELL-SeqTM सिक्वेन्सिंगसाठी उच्च आण्विक वजन (HMW) डीएनए अत्यंत महत्त्वाचा आहे.
· मानवी जीनोमसाठी, किमान sample DNA size should be greater than 40Kb. · HMW DNA ranging from 100Kb to 300Kb are optimal material for best human phasing
वापर. · हाताळणी दरम्यान HMW DNA तुटणे टाळा. कमी आण्विक वजन DNA काढून टाका (म्हणून ओळखले जाते
एका जेलवर १० केबी पेक्षा कमी स्मीअर)ample जर ते DNA s मध्ये महत्त्वपूर्ण भाग सादर करतातample. इनपुट डीएनएचे प्रमाण मोजण्यासाठी फ्लोरोमेट्रिक-आधारित पद्धत वापरा. जर तुम्ही क्यूबिट डीएसडीएनए बीआर अॅसे किट किंवा एचएस किट वापरत असाल, तर प्रत्येक डीएनएचे किमान 2 लिटर वापरा.ampमोजमापासाठी le. नॅनोड्रॉप किंवा इतर UV शोषक पद्धतींसारख्या केवळ एकूण न्यूक्लिक अॅसिड एकाग्रता मोजणाऱ्या पद्धती टाळा. HMW DNA एकाग्रतेच्या अचूक मोजमापासाठी, एकाग्रता मापन आणि लायब्ररी तयारीच्या काही तास ते एक दिवस आधी एकाग्रता DNA ला कार्यरत एकाग्रतेपर्यंत (0.4ng/l ते 1ng/l) पातळ करा. एकाग्रता मापन आणि लायब्ररी तयारीच्या काही तासांपासून एक दिवस आधी. जीनोमिक DNA हे 7.5 - 8.0 पर्यंत pH असलेल्या Tris बफरमध्ये किंवा कमी TE बफर (7.5mM Tris-HCl, 8.0 mM EDTA, pH 10) साठवले पाहिजे. DNA च्या शुद्धतेचे मूल्यांकन करण्यासाठीample, २६० nm वर शोषण मापन आणि २८० nm वर शोषणाचे गुणोत्तर वापरले जाऊ शकते. हा प्रोटोकॉल १.८२.० च्या शोषण गुणोत्तर मूल्यांसह DNA साठी अनुकूलित केला आहे. जर DNA मध्ये जास्त RNA असेल तरampतथापि, ते RNase उपचाराने काढले पाहिजे.
पेटंट प्रलंबित.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

2. किट सामग्री

TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट, मानक आकार (२ बॉक्स) बॉक्स १ पैकी २: TELL-SeqTM लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स १ V2 (PN 1)

टीप: बॉक्स १ अभिकर्मक ६ वेळापेक्षा जास्त काळ गोठवू नका आणि वितळवू नका.

घटकाचे नाव

टोपी रंग

व्हॉल्यूम (एल)

स्टोरेज तापमान

5× प्रतिक्रिया बफर

कॅप निळा

120

-25°C ते -15°C

बारकोडिंग एन्झाइम

कॅप ब्लॅक

24

-25°C ते -15°C

कोफॅक्टर II

कॅप अंबर

120

-25°C ते -15°C

Exonuclease

कॅप पिवळा

12

-25°C ते -15°C

स्टॅबिलायझर

कॅप व्हायलेट

12

-25°C ते -15°C

निलंबन बफर EZ

CAP नैसर्गिक

180

-25°C ते -15°C

Tagging एन्झाइम

CAP लाल

24

-25°C ते -15°C

2× पीसीआर मास्टर मिक्स

कॅप गुलाबी

150

-25°C ते -15°C

एन्हान्सर १०× प्राइमर Ia

कॅप ग्रीन

18

कॅप पांढरा

30

-२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

a लायब्ररीसाठी TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर किटमध्ये १०× प्राइमर II सह वापरण्यासाठी ampबंधन

२ पैकी २ बॉक्स: TELL-SeqTM लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स २ V2 (PN 2)

घटकाचे नाव

टोपी रंग

व्हॉल्यूम (एल)

बीड प्लेक्सब सांगा

कॅप ऑरेंज

76

धुण्याचे समाधान

कॅप पांढरा

4500

सोल्युशनसी थांबवा

CAP नैसर्गिक

960

b TELL Bead Plex इलुमिना आणि नॉन-इलुमिना सिक्वेन्सिंग सिस्टीम या दोन्हींवर चांगले कार्य करते.

साठवण तापमान २°C ते ८°C २°C ते ८°C २°C ते २५°C

c वापरण्यापूर्वी, जर स्टॉप सोल्युशन स्पष्ट नसेल किंवा त्यात पांढरे अवक्षेपण असेल, तर ट्यूब ३७C वर गरम करा. कोणताही अवक्षेपण विरघळवण्यासाठी व्होर्टेक्स. पहिल्या वापरानंतर, भविष्यातील वापरासाठी पुन्हा निलंबित केलेले स्टॉप सोल्युशन खोलीच्या तपमानावर साठवा.

खबरदारी
TELL-Read पाइपलाइन v1.1 किंवा त्यावरील आवृत्ती TELL Bead Plex वापरून तयार केलेल्या TELL-SeqTM लायब्ररीमधून तयार केलेल्या अनुक्रम डेटाचे विश्लेषण करण्यासाठी आवश्यक आहे.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट, HT24 (2 बॉक्स) बॉक्स 1 पैकी 2: TELL-SeqTM लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स 1 V1, HT24 (PN 100037)
टीप: बॉक्स १ अभिकर्मक ६ वेळापेक्षा जास्त काळ गोठवू नका आणि वितळवू नका.

घटकाचे नाव

टोपी रंग

व्हॉल्यूम (एल)

स्टोरेज तापमान

5× प्रतिक्रिया बफर

कॅप निळा

720

-25°C ते -15°C

बारकोडिंग एन्झाइम

कॅप ब्लॅक

144

-25°C ते -15°C

कोफॅक्टर II

कॅप अंबर

720

-25°C ते -15°C

Exonuclease

कॅप पिवळा

72

-25°C ते -15°C

स्टॅबिलायझर

कॅप व्हायलेट

72

-25°C ते -15°C

निलंबन बफर EZ

CAP नैसर्गिक

1080

-25°C ते -15°C

Tagging एन्झाइम

CAP लाल

144

-25°C ते -15°C

2× पीसीआर मास्टर मिक्स

कॅप गुलाबी

900

-25°C ते -15°C

एन्हान्सर १०× प्राइमर Ia

कॅप ग्रीन

108

कॅप पांढरा

180

-२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

a लायब्ररीसाठी TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर किटमध्ये १०× प्राइमर II सह वापरण्यासाठी ampबंधन

२ पैकी २ बॉक्स: TELL-SeqTM लायब्ररी अभिकर्मक बॉक्स २ V2, HT2 (PN 2)

घटकाचे नाव

टोपी रंग

खंड

बीड प्लेक्सब सांगा

कॅप ऑरेंज

६७ एल

धुण्याचे समाधान

कॅप निळा

28.5 मिली

सोल्युशनसी थांबवा

कॅप पांढरा

5.76 मिली

b TELL Bead Plex इलुमिना आणि नॉन-इलुमिना सिक्वेन्सिंग सिस्टीम या दोन्हींवर चांगले कार्य करते.

साठवण तापमान २°C ते ८°C २°C ते ८°C २°C ते २५°C

c वापरण्यापूर्वी, जर स्टॉप सोल्युशन स्पष्ट नसेल किंवा त्यात पांढरे अवक्षेपण असेल, तर ट्यूब ३७C वर गरम करा. कोणताही अवक्षेपण विरघळवण्यासाठी व्होर्टेक्स. पहिल्या वापरानंतर, भविष्यातील वापरासाठी पुन्हा निलंबित केलेले स्टॉप सोल्युशन खोलीच्या तपमानावर साठवा.

प्रो टिप: दोन TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किट्स, HT24, ज्यामध्ये बॉक्स 1 आणि बॉक्स 2 दोन्ही समाविष्ट आहेत, ते कोणत्याही TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर किट्ससोबत जोडता येतात.

खबरदारी
TELL-Read पाइपलाइन v1.1 किंवा त्यावरील आवृत्ती TELL Bead Plex वापरून तयार केलेल्या TELL-SeqTM लायब्ररीमधून तयार केलेल्या अनुक्रम डेटाचे विश्लेषण करण्यासाठी आवश्यक आहे.
TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (१-८) किट (PN १०००००३)

घटकाचे नाव १०× प्राइमर II, T५०१ १०× प्राइमर II, T५०२ १०× प्राइमर II, T५०३ १०× प्राइमर II, T५०४

टोपीचा रंग कॅप निळा कॅप काळा कॅप हिरवा कॅप पिवळा

खंड (L) १५ १५ १५ १५

साठवण तापमान -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

१०× प्राइमर II, T५०५ १०× प्राइमर II, T५०६

कॅप व्हायलेट कॅप नॅचरल

15

-25°C ते -15°C

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

CAP लाल

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप ऑरेंज

15

-25°C ते -15°C

प्रो टिप: एका TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (1-8) किटमध्ये चार TELL-SeqTM WGS लायब्ररी प्रेप किट्ससह वापरण्यासाठी पुरेसे प्रायमर आहेत.

TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (१-८) किट (PN १०००००३)

घटकाचे नाव

टोपी रंग

व्हॉल्यूम (एल)

स्टोरेज तापमान

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप निळा

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०५ १०× प्राइमर II, T५०६

कॅप अंबर कॅप हिरवा

15

-25°C ते -15°C

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप पिवळा

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०५ १०× प्राइमर II, T५०६

कॅप व्हायलेट कॅप ऑरेंज

15

-25°C ते -15°C

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

CAP लाल

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

CAP नैसर्गिक

15

-25°C ते -15°C

प्रो टिप: एका TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (9-16) किटमध्ये चार TELL-SeqTM WGS लायब्ररी प्रेप किट्स, मानक आकारात वापरण्यासाठी पुरेसे प्रायमर आहेत.

TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (१-८) किट (PN १०००००३)

घटकाचे नाव

टोपी रंग

व्हॉल्यूम (एल)

स्टोरेज तापमान

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप अंबर

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप निळा

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप पिवळा

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप ग्रीन

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप ब्लॅक

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप व्हायलेट

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

कॅप ऑरेंज

15

-25°C ते -15°C

१०× प्राइमर II, T५०७

CAP लाल

15

-25°C ते -15°C

प्रो टिप: एका TELL-SeqTM लायब्ररी मल्टीप्लेक्स प्राइमर (17-24) किटमध्ये चार TELL-SeqTM WGS लायब्ररी प्रेप किट्स, मानक आकारात वापरण्यासाठी पुरेसे प्रायमर आहेत.

TELL-SeqTM Illumina® सिक्वेन्सिंग प्राइमर किट (PN 100004)

घटकाचे नाव
१ प्राइमर वाचा २ प्राइमर इंडेक्स १ प्राइमर इंडेक्स २ प्राइमर

टोपी रंग
कॅप काळा कॅप पांढरा कॅप लाल कॅप पिवळा

एकाग्रता
100M 100M 100M 100M

व्हॉल्यूम (एल)
१ ३०० ६९३ ६५७

साठवण तापमान -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

TELL-SeqTM Illumina® सिक्वेन्सिंग प्राइमर किट, HT (PN 100013)

घटकाचे नाव
१ प्राइमर वाचा २ प्राइमर इंडेक्स १ प्राइमर इंडेक्स २ प्राइमर

टोपी रंग
कॅप काळा कॅप पांढरा कॅप लाल कॅप पिवळा

एकाग्रता
100M 100M 100M 100M

व्हॉल्यूम (एल)
१ ३०० ६९३ ६५७

साठवण तापमान -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

TELL-SeqTM टार्गेट ब्लॉकर (PN 100019)

घटकाचे नाव TELL-SeqTM लक्ष्य ब्लॉकर

कॅप कलर व्हॉल्यूम (L)

कॅप पांढरा

40

स्टोरेज तापमान
-25°C ते -15°C

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

३. उपभोग्य वस्तू आणि उपकरणे (दिलेली नाहीत)

उपभोग्य वस्तू

उपभोग्य

पुरवठादार

०.२ मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब २० लिटर पिपेट टिप (मानक आणि रुंद छिद्र) २०० लिटर पिपेट टिप (मानक आणि रुंद छिद्र) आण्विक जीवशास्त्रासाठी इथेनॉल २०० प्रूफ (परिपूर्ण) (५०० मिली) न्यूक्लियस-मुक्त पाणी AMPure XP Agilent बायोअनालायझर उच्च संवेदनशीलता डीएनए विश्लेषण किट* टेपस्टेशन उच्च संवेदनशीलता D5000 स्क्रीनटेप परख*
Qubit dsDNA HS Assay Kit
Qubit Assay Tubes
Dynabeads MyOne Streptavidin T1
एजिलेंट श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस कॅप्चर लायब्ररी ह्युमन ऑल एक्सॉन ७ एजिलेंट श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट, आयएलएम हायब मॉड्यूल (पीसीआरनंतर), १६ आरएक्सएन टीई बफर, पीएच ८.०

सामान्य प्रयोगशाळा पुरवठादार सामान्य प्रयोगशाळा पुरवठादार सामान्य प्रयोगशाळा पुरवठादार सिग्मा-अल्ड्रिच, # E7023 सामान्य प्रयोगशाळा पुरवठादार बेकमन, # A63880 एजिलेंट, # 5067-4626 एजिलेंट, # 5067-5592, #5067-5593 थर्मो फिशर सायंटिफिक, # Q32851 किंवा Q32854 थर्मो फिशर सायंटिफिक, # Q32856 थर्मो फिशर सायंटिफिक, # 65601, 65602 किंवा 65603 एजिलेंट, # G9704N, G9705N किंवा G9706N
Agilent, #G9916B
सामान्य प्रयोगशाळा पुरवठादार

*वापरकर्ता सुविधेत कोणती प्रणाली उपलब्ध आहे यावर अवलंबून आहे.
उपकरणे
उपकरणे

पुरवठादार

०.२ मिली पीसीआर ट्यूबसाठी थर्मो सायकलर मॅग्नेटिक स्टँड ट्यूब रोटेटर इनक्यूबेटर (३५ सेल्सिअससाठी) व्होर्टेक्सर मायक्रोसेंट्रीफ्यूज अ‍ॅजिलेंट बायोअनालायझर* अ‍ॅजिलेंट टेपस्टेशन*
Qubit® फ्लोरोमीटर 3.0
आइस बकेट स्पीडव्हॅक व्हॅक्यूम कॉन्सन्ट्रेटर्स (पर्यायी)
*वापरकर्ता सुविधेत कोणती प्रणाली उपलब्ध आहे यावर अवलंबून आहे.

अप्लाइड बायोसिस्टम्स जनरल लॅब सप्लायर एजिलेंट एजिलेंट थर्मो फिशर सायंटिफिक, # Q33216, Q33217 किंवा Q33218 जनरल लॅब सप्लायर थर्मो फिशर सायंटिफिक

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

४. TELL-SeqTM ह्युमन एक्सोम कॅप्चर वर्कफ्लो
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

5. प्रोटोकॉल

अ. TELL-SeqTM WGS लायब्ररी तयारी

खालील प्रोटोकॉल मानवी डीएनए वापरून TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप किटसह सुधारित TELL-SeqTM संपूर्ण जीनोम सिक्वेन्सिंग लायब्ररी तयारी प्रक्रियेचे वर्णन करते.ampलेस भिन्न जीनोमिक डीएनए एसample प्रकार देखील त्याच प्रोटोकॉलनुसार बदलले जाऊ शकतात. TELL-SeqTM लायब्ररी इतर टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टमशी सुसंगत आहेत, परंतु Agilent SureSelectXT HS टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टम SureSelect Human वापरून All Exon V8 कॅप्चर प्रोबचा वापर केला जातो.ampप्रोटोकॉलमध्ये वापरण्यासाठी. इतर लक्ष्य समृद्धी प्रणालींमध्ये वापरण्यासाठी कृपया योग्य लायब्ररी तयार करण्यासाठी TELL-SeqTM लायब्ररी प्रेप (पृष्ठ १०-२२) साठी प्रोटोकॉलचे अनुसरण करा. TELL-SeqTM लायब्ररी प्रत्येक विशिष्ट लक्ष्य समृद्धी प्रणालीच्या प्रोटोकॉलचे अनुसरण करून DNA इनपुट म्हणून वापरल्या जाऊ शकतात, तसेच निर्दिष्ट ब्लॉकर्स व्यतिरिक्त TELL-SeqTM लक्ष्य ब्लॉकर्स देखील वापरले जाऊ शकतात.
बारकोड डीएनए

I.

उपभोग्य वस्तू

जीनोमिक डीएनए इनपुट करा (वापरकर्ता)

जीनोम आकार मोठा (मानवी)

इनपुट रक्कम ५ नग

प्रतिक्रिया खंड (L) तयारी/किट

150

4

टीप:
१. जीनोमिक डीएनए ७.५ ते ८.० च्या पीएच असलेल्या ट्रिस बफरमध्ये किंवा कमी टीई बफरमध्ये (१० मिमी ट्रिस-एचसीएल, ०.१ मिमी ईडीटीए, पीएच ८.०) साठवून ठेवावे आणि पातळ करावे.
५× रिअ‍ॅक्शन बफर (किट बॉक्स १, सीएपी ब्लू) कोफॅक्टर II (किट बॉक्स १, सीएपी अंबर) बारकोडिंग एन्झाइम (किट बॉक्स १, सीएपी ब्लॅक) टेल बीड किंवा टेल बीड प्लेक्स (किट बॉक्स २, सीएपी ऑरेंज) सस्पेंशन बफर ईझेड (किट बॉक्स १, सीएपी नॅचरल) न्यूक्लियस-मुक्त पाणी (वापरकर्ता) ०.२ मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता) २० लिटर आणि २०० लिटर रुंद ओरिफिस पिपेट टिप्स (वापरकर्ता)

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम ५× रिअॅक्शन बफर CAP
सहघटक II CAP
बारकोडिंग एन्झाइम कॅप टेल बीड प्लेक्स कॅप सस्पेंशन बफर ईझेड कॅप न्यूक्लिज-मुक्त पाणी

साठवण -२५°C ते -१५°C
-25°C ते -15°C
-२५°C ते -१५°C २°C ते ८°C
-२५°C ते -१५°C खोलीचे तापमान

सूचना
खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. खोलीच्या तपमानावर अंधारात ठेवा. प्रत्येक वापरानंतर ट्यूब कॅप घट्ट बंद करा. मिसळण्यासाठी ट्यूब ४ ते ५ वेळा फ्लिक करा. थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. प्रत्येक वापरानंतर बाष्पीभवन टाळण्यासाठी ट्यूब कॅप घट्ट बंद करा.
खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. खोलीच्या तपमानावर ठेवा.
खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

२. ३५C इनक्यूबेटरमध्ये ट्यूब रोटेटर सेट करा (प्रक्रिया विभागातील पायरी ७ पहा).
सावधानता डीएनए तुटू नये म्हणून उच्च आण्विक वजनाच्या जीनोमिक डीएनएचे हस्तांतरण आणि मिश्रण करण्यासाठी रुंद ओरिफिस पिपेट टिप्स वापरा. जर रुंद ओरिफिस पिपेट टिप्स उपलब्ध नसतील, तर वापरण्यापूर्वी स्वच्छ रेझर ब्लेडने मानक पिपेट टिप टॉपवरून २ मिमी-३ मिमी कापून टाका.
III. प्रक्रिया १. व्होर्टेक्स टेल बीड प्लेक्स कमीत कमी ३० सेकंदांसाठी जोरदारपणे फिरवा. नळीच्या झाकणावर किंवा बाजूंवर असलेले मणी द्रावण खाली आणण्यासाठी पल्स स्पिन (१ सेकंदापेक्षा जास्त काळ सेंट्रीफ्यूज) करा. वापरण्यापूर्वी, सर्व मणी योग्यरित्या पुन्हा सस्पेंड झाले आहेत याची खात्री करण्यासाठी टेल बीड प्लेक्सला २०० लिटर टिपने ५ वेळा वर आणि खाली पाईप करा. २. ०.२ मिली पीसीआर ट्यूबमध्ये, प्रत्येक अभिक्रिया खालील क्रमाने एकत्र करा.

अभिकर्मक
५× रिअॅक्शन बफर CAP न्यूक्लिज-मुक्त पाणी कोफॅक्टर II CAP TELL बीड प्लेक्स CAP (०.५ दशलक्ष बारकोड/लीटर)

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)
मोठा जीनोम (१५० लिटर)
३० २० झेड (झेड हा डीएनए व्हॉल्यूम आहे)
०६ ४०

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

३. १० वेळा वर-खाली पाईप टाकून किंवा ५ सेकंद जोरदारपणे व्होर्टेक्सिंग करून चांगले मिसळा आणि द्रावण तळाशी आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा. बारकोडिंग एन्झाइम घाला.

अभिकर्मक

प्रति अभिक्रिया आकारमान (L) मोठा जीनोम

बारकोडिंग एन्झाइम CAP

६७ एल

४. ८ वेळा वर-खाली पाईप टाकून चांगले मिसळा. पाईप टाकताना हवेचे बुडबुडे येऊ देऊ नका, पाईपेटची टीप द्रावणाच्या तळाशी नळीमध्ये ठेवा.
५. रुंद छिद्राच्या विंदुकाच्या टोकाचा वापर करा, त्यात खालील अभिकर्मक घाला.

अभिकर्मक
Sampजीनोमिक डीएनए सस्पेंशन बफर ईझेड कॅप

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)
मोठा जीनोम
झेड (१५) ४५

टीप: सस्पेंशन बफर EZ खूप चिकट आहे. योग्य आवाज पोहोचेल याची खात्री करण्यासाठी सावधगिरी बाळगा आणि पिपेट हळूहळू करा.

६. पिपेटची मात्रा ११० लिटरवर सेट करा. रुंद छिद्र असलेल्या पिपेट टिपचा वापर करा, हळूहळू ६-८ वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून द्रावण हलक्या हाताने मिसळा. पाईप टाकताना अनेक हवेचे बुडबुडे येऊ नयेत, पिपेटची टीप द्रावणाच्या तळाशी ट्यूबमध्ये ठेवा.
7. एस ठेवाampले ट्यूब ट्यूब रोटेटरवर 35 डिग्री सेल्सिअस इनक्यूबेटरमध्ये ठेवा आणि 10 मिनिटे हळू (15-30 आरपीएम) फिरवा.

टीप: HMW DNA गुणधर्मांचे जतन करण्यासाठी आणि योग्य बारकोडिंग प्रक्रिया सुलभ करण्यासाठी योग्य ट्यूब रोटेशन महत्वाचे आहे. शिफारस केलेले मिक्सिंग सिस्टम खाली दाखवले आहेत (डावीकडे). ज्या मिक्सिंग सिस्टम फिरत नाहीत किंवा जोरदार कंपन निर्माण करतात त्या HMW DNA गुणधर्म आणि TELL-Seq च्या जतनाशी विसंगत आहेत; यापैकी काही सिस्टम खाली देखील दाखवल्या आहेत (उजवीकडे).
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

डीएनए स्थिर करा

१. उपभोग्य वस्तूंचे स्टॅबिलायझर (किट बॉक्स १, कॅप व्हायलेट)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम स्टॅबिलायझर CAP

साठवण -२५°C ते -१५°C

सूचना
मिसळण्यासाठी ट्यूब 4 ते 5 वेळा फ्लिक करा. सेंट्रीफ्यूज थोडक्यात. बर्फावर ठेवा.

III. प्रक्रिया १. एस पुनर्प्राप्त कराamp३५°C तापमानाच्या इन्क्यूबेटरमधून ट्यूब काढा. २. ट्यूबमध्ये स्टॅबिलायझर घाला.

अभिकर्मक

प्रति अभिक्रिया आकारमान (L) मोठा जीनोम

स्टॅबिलायझर CAP

३. पिपेटची मात्रा ११० लिटरवर सेट करा. रुंद छिद्र असलेल्या पिपेटच्या टोकाचा वापर करा, हळूहळू ६-८ वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून द्रावण हलक्या हाताने मिसळा. जास्त बुडबुडे तयार होऊ देऊ नका.
4. एस ठेवाamp35 डिग्री सेल्सिअस इनक्यूबेटरमध्ये ट्यूब रोटेटरवर le ट्यूब परत करा आणि 10 मिनिटे हळू (15-30 rpm) फिरवा.

Tagडीएनए
IV. उपभोग्य वस्तू Tagजिंग एन्झाइम (किट बॉक्स १, कॅप रेड) एक्सोन्यूक्लीज (किट बॉक्स १, कॅप यलो)
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

V. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम Tagजिंग एन्झाइम सीएपी एक्सोन्यूक्लीज सीएपी

साठवण -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

सूचना
मिसळण्यासाठी ट्यूब 4 ते 5 वेळा फ्लिक करा. सेंट्रीफ्यूज थोडक्यात. बर्फावर ठेवा.
मिसळण्यासाठी ट्यूब 4 ते 5 वेळा फ्लिक करा. सेंट्रीफ्यूज थोडक्यात. बर्फावर ठेवा.

२. ३५C इनक्यूबेटरमध्ये समान ट्यूब रोटेटर वापरा.

सहावा. प्रक्रिया १. एस पुनर्प्राप्त कराamp३५°C तापमानाच्या इनक्यूबेटरमधून le ट्यूब. २. जोडा Tagट्यूबमध्ये एन्झाईम आणि एक्सोन्यूक्लीझ ging.

अभिकर्मक

प्रति अभिक्रिया आकारमान (L) मोठा जीनोम

Tagजिंग एन्झाइम CAP

2

एक्सोन्यूक्लीज कॅप

3

३. पिपेटची मात्रा ११० लिटरवर सेट करा. रुंद छिद्र असलेल्या पिपेटच्या टोकाचा वापर करा, हळूहळू ८ वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून द्रावण हलक्या हाताने मिसळा. या पायरीसाठी, मिश्रण खूप काळजीपूर्वक करावे लागेल. जास्त बुडबुडे तयार करणे टाळा.
4. एस ठेवाamp35 डिग्री सेल्सिअस इनक्यूबेटरमध्ये ट्यूब रोटेटरवर le ट्यूब परत करा आणि 10 मिनिटे हळूहळू फिरवा. आवश्यक असल्यास, भिन्न रक्कम Tagलायब्ररीचा आकार समायोजित करण्यासाठी ging एन्झाइमचा वापर केला जाऊ शकतो.
टीप: जर जास्त वेळ घालवण्याची लायब्ररी पसंत असेल तर कमी प्रमाणात Tagging Enzyme प्रतिक्रिया मध्ये वापरले जाऊ शकते. दुसरीकडे, लहान इन्सर्ट लायब्ररीला प्राधान्य दिल्यास, 6µL पर्यंत Tagging Enzymes प्रतिक्रिया मध्ये वापरले जाऊ शकते.

५. उष्मायनानंतर लगेचच पुढील चरणावर जा.

मणी धुवा
I. उपभोग्य वस्तू स्टॉप सोल्युशन (किट बॉक्स २, सीएपी नॅचरल किंवा पहिल्या वापरानंतर खोलीच्या तपमानावर साठवलेले) वॉश सोल्युशन (किट बॉक्स २, सीएपी व्हाइट) ०.२ मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम

स्टोरेज सूचना

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

स्टॉप सोल्यूशन कॅप वॉश सोल्यूशन कॅप

2 डिग्री सेल्सियस ते 25 डिग्री सेल्सियस 2 डिग्री सेल्सियस ते 8 डिग्री सेल्सियस

कोणत्याही अवक्षेपणासाठी तपासा. जर असेल तर, बफरला ३७°C वर १० मिनिटे उबवा आणि ते विरघळेपर्यंत व्होर्टेक्स चालू ठेवा. भविष्यातील वापरासाठी खोलीच्या तपमानावर साठवा.
खोलीच्या तपमानावर आणा.

२. खालील प्रोग्राम वापरून थर्मो सायकलर सेट करा: · झाकण पर्याय १००°C पर्यंत गरम करा · कायमचे ६३°C पर्यंत गरम करा
III. प्रक्रिया

1. एस ठेवाampचुंबकीय स्टँडवर १ मिनिटासाठी किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ट्यूब ठेवा. २. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला एस्पिरेट करा आणि टाकून द्या.
त्रासदायक मणी. ३. चुंबकीय स्टँडमधून ट्यूब काढा. १२० लिटर वॉश सोल्युशन घाला.ample ट्यूब.
मणी पुन्हा लटकवण्यासाठी पाईपेट. आवश्यक असल्यास, द्रावण खाली आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा. ४. एस ठेवाamp१ मिनिटासाठी किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ट्यूब पुन्हा मॅग्नेटिक स्टँडवर ठेवा. ५. ट्यूब मॅग्नेटिक स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला एस्पिरेट करा आणि टाकून द्या.
त्रासदायक मणी. ६. चुंबकीय स्टँडमधून नळी काढा. नळीत ८० लिटर स्टॉप सोल्युशन घाला. ७. मणी पुन्हा सस्पेंड करण्यासाठी अनेक वेळा पाईप करा. आवश्यक असल्यास, द्रावण आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा.
खाली. ८. खोलीच्या तपमानावर ५ मिनिटे नळी उबवा. ९. एस ठेवाamp१ मिनिटासाठी किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ट्यूब पुन्हा मॅग्नेटिक स्टँडवर ठेवा. ५. ट्यूब मॅग्नेटिक स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला एस्पिरेट करा आणि टाकून द्या.
त्रासदायक मणी. ११. चुंबकीय स्टँडमधून ट्यूब काढा. पीसीआर ट्यूबमध्ये १२० लिटर वॉश सोल्युशन घाला. पाईपेट
मणी पुन्हा सस्पेंड करण्यासाठी. १२. सर्व मण्यांचे द्रावण नवीन ०.२ मिली पीसीआर ट्यूबमध्ये हलवा. १३. पीसीआर थर्मोसायक्लरवर ६३ डिग्री सेल्सिअस तापमानावर ट्यूब ३ मिनिटांसाठी उबवा. १४. नवीन एस ठेवा.ampखोलीच्या तपमानावर चुंबकीय स्टँडवर 1 मिनिट किंवा तोपर्यंत ट्यूब ठेवा
उपाय स्पष्ट आहे. १५. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला अ‍ॅस्पिरेट करा आणि टाकून द्या.
त्रासदायक मणी. ११. चुंबकीय स्टँडमधून ट्यूब काढा. पीसीआर ट्यूबमध्ये १२० लिटर वॉश सोल्युशन घाला. पाईपेट
मणी पुन्हा सस्पेंड करण्यासाठी. आवश्यक असल्यास, द्रावण खाली आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा. १७. ट्यूबला पीसीआर थर्मोसायक्लरवर ६३C वर ३ मिनिटे ठेवा. १८. एस ठेवाampखोलीच्या तपमानावर चुंबकीय स्टँडवर 1 मिनिट किंवा तोपर्यंत le ट्यूब ठेवा
द्रावण स्पष्ट आहे. १९. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला अ‍ॅस्पिरेट करा आणि टाकून द्या.
त्रासदायक मणी. उरलेले कोणतेही सुपरनॅटंट काढण्यासाठी P20 पिपेट वापरा. २०. चुंबकीय स्टँडमधून ट्यूब काढा. २० लिटर वॉश सोल्युशनमध्ये मणी पुन्हा सांडवा.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

टीप: हा एक सुरक्षित थांबण्याचा मुद्दा आहे. धुतलेले मणी २°C ते ८°C तापमानात दोन आठवड्यांसाठी साठवले जाऊ शकतात.

Amplify लायब्ररी

I.

उपभोग्य वस्तू

२× पीसीआर मास्टर मिक्स (किट बॉक्स १, कॅप पिंक)

१०× प्राइमर I (किट बॉक्स १, कॅप व्हाइट)

10× प्राइमर II, T50# (मल्टीप्लेक्स प्राइमर किट)

न्यूक्लीज-मुक्त पाणी (वापरकर्ता)

0.2 एमएल पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम २× पीसीआर मास्टर मिक्स कॅप १०× प्राइमर I कॅप १०× प्राइमर II, T५०# एन्हान्सर कॅप हिरवे न्यूक्लियस-मुक्त पाणी

साठवण -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C खोलीचे तापमान

सूचना
खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी ट्यूब ४ ते ५ वेळा फ्लिक करा, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिसळण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. खोलीच्या तपमानावर ठेवा.
खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

२. ग्रंथालयाची स्थापना करा Ampथर्मो सायकलरवर लिफिकेशन प्रोग्राम (LAP) खालीलप्रमाणे: · ६३°C २ मिनिटे · ७२°C २ मिनिटे · ९८°C ३० सेकंद · [९८°C १५ सेकंद, ६३°C २० सेकंद, ७२°C ३० सेकंद] x सायकल क्रमांक · ७२°C ३ मिनिटे · ४°C कायमचे
टीप:
डाउनस्ट्रीम ऍप्लिकेशन्स आणि आवश्यकतांवर आधारित सायकल क्रमांक लवचिक आहे. 13 चक्रांसह प्रारंभ करण्याची शिफारस करा. उच्च सायकल क्रमांक संकरीकरण आणि कॅप्चरसाठी इनपुट म्हणून अधिक TELL-Seq लायब्ररी व्युत्पन्न करेल, परंतु अंतिम अनुक्रम विश्लेषणासाठी उच्च डुप्लिकेशन दर. लोअर सायकल नंबर डुप्लिकेशन रेट कमी करू शकतो, परंतु कमी डीएनए इनपुटमुळे कॅप्चर कार्यक्षमता कमी होऊ शकते आणि लायब्ररीची जटिलता कमी होऊ शकते. कृपया योग्य सायकल क्रमांक ठरवताना पुढील विचारांसाठी हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चरसाठी क्वालिफाई आणि क्वांटिफाई लायब्ररीचा शेवट पहा.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

जीनोम आकार मोठा

पीसीआरसाठी वापरल्या जाणाऱ्या मण्यांचे प्रमाण (ब) २० लिटर

पीसीआर व्हॉल्यूम ७५ एल

सायकल क्रमांक १२-१४

III. प्रक्रिया १. मणी पुन्हा सस्पेंड करण्यासाठी १० सेकंदांसाठी व्होर्टेक्स मणी जोरदारपणे फिरवा. द्रावण खाली आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा. २० लिटर टिप वापरून, सर्व मणी योग्यरित्या पुन्हा सस्पेंड झाले आहेत याची खात्री करण्यासाठी मणी वर आणि खाली ५ वेळा पाईप करा. ताबडतोब संपूर्ण मणी द्रावणाची मात्रा नवीन पीसीआर ट्यूबमध्ये स्थानांतरित करा. २. पीसीआर ट्यूबला १ मिनिटासाठी किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत चुंबकीय स्टँडवर ठेवा. ३. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर असताना, मणींना त्रास न देता २० लिटर सुपरनॅटंट काढा. चुंबकातून पीसीआर ट्यूब काढा. ४. पीसीआर ट्यूबमध्ये खालील अभिकर्मक जोडा.

अभिकर्मक
न्यूक्लियस-मुक्त पाणी २× पीसीआर मास्टर मिक्स सीएपी १०× प्राइमर आय सीएपी १०× प्राइमर II, टी५०# एन्हान्सर सीएपी हिरवा

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)
मोठा जीनोम (७५ लिटर) १६ लिटर ३७.५ लिटर ७.५ लिटर ७.५ लिटर ४.५ लिटर

५. व्होर्टेक्सिंग किंवा पाईपेटिंग करून चांगले मिसळा. द्रावण खाली आणण्यासाठी पल्स स्पिन करा. ६. ट्यूब थर्मल सायकलरवर ठेवा आणि योग्यरित्या LAP प्रोग्राम (वर पहा) चालवा.
चक्रांची संख्या. ७. पीसीआर नंतर ampलिफिकेशन, बायोअ‍ॅनालायझर किंवा ए वर गुणवत्ता तपासणीसाठी 2 लिटर पीसीआर उत्पादन वापरा
टेपस्टेशन. सूचनांसाठी पात्रता आणि परिमाण लायब्ररी विभाग पहा.
प्रो टिप: जर QC तपासणीत लायब्ररी उत्पत्ती तुलनेने कमी असल्याचे दिसून आले, तर उर्वरित PCR उत्पादनासह ट्यूब परत थर्मोसायक्लरमध्ये ठेवा आणि ampक्लीन अप लायब्ररी विभागात जाण्यापूर्वी आणखी एक किंवा दोन अतिरिक्त सायकलसाठी लाइफ करा.

टीप: हा एक सुरक्षित थांबण्याचा मुद्दा आहे. पीसीआर उत्पादन -२५°C ते -१५°C तापमानात एका महिन्यासाठी साठवले जाऊ शकते.

लायब्ररी साफ करा
आय. उपभोग्य वस्तू AMPure XP (वापरकर्ता) १८ १०००३२-USG V18

आण्विक जीवशास्त्रासाठी इथेनॉल २०० प्रूफ (परिपूर्ण) (वापरकर्ता) न्यूक्लियस-मुक्त पाणी (वापरकर्ता) ०.२ मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम फ्रेश ७५% (v/v) इथेनॉल
AMPure XP
न्यूक्लीझ-मुक्त पाणी TE बफर, pH 8.0

स्टोरेज रूम तापमान
2°C ते 8°C
खोलीचे तापमान खोलीचे तापमान

सूचना
प्रति सेकंद ४०० लिटर आवश्यक आहेample. १.५ मिली इथेनॉल (२०० प्रूफ) ०.५ मिली न्यूक्लियस-मुक्त पाण्यात मिसळा. व्होर्टेक्स मिसळा आणि खोलीच्या तपमानावर ठेवा. ते कमीत कमी २० मिनिटे खोलीच्या तपमानावर आणा आणि वापरण्यापूर्वी मणी पुन्हा सस्पेंशन करण्यासाठी व्होर्टेक्स जोमाने हलवा. खोलीच्या तपमानावर ठेवा.
खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

III. प्रक्रिया १. थोडक्यात सेंट्रीफ्यूज कराampसर्व द्रावण खाली आणण्यासाठी पीसीआर ट्यूब वापरा. २. चुंबकीय स्टँडवर १ मिनिट किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ट्यूब ठेवा. ३. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर असताना, सुपरनॅटंटला मणींना त्रास न देता नवीन ०.२ एमएल पीसीआर ट्यूबमध्ये स्थानांतरित करा. ४. पिपेटने हस्तांतरित सुपरनॅटंट (पीसीआर उत्पादन) चे आकारमान मोजा. ५. पीसीआर उत्पादनात खालील अभिकर्मक जोडा जेणेकरून एकूण आकारमान १०० लिटर होईल.

अभिकर्मक पीसीआर उत्पादन न्यूक्लीझ-मुक्त पाणी

प्रति अभिक्रिया आकारमान ७५ लिटर
एकूण १०० लिटरपर्यंत

६. पुन्हा निलंबित करण्यासाठी जोरदारपणे भोवरा AMPure XP द्रावण तयार करा आणि ७८ लिटर घाला. AMP१०० लिटर पीसीआर उत्पादनात ure XP.
७. १० वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून मिसळा. ८. खोलीच्या तपमानावर ५ मिनिटे उबवा. ९. ट्यूबला चुंबकीय स्टँडवर १ मिनिट किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ठेवा. १०. सुपरनॅटंटला अ‍ॅस्पिरेट करा आणि त्रास न देता टाकून द्या. AMPure मणी. ११. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर ठेवताना, २०० लिटर ताजे तयार केलेले ७५% इथेनॉल घाला.
ट्यूबमध्ये टाका. ते ३० सेकंदांसाठी बसू द्या. १२. मण्यांना त्रास न देता सुपरनॅटंट अ‍ॅस्पिरेट करा आणि टाकून द्या. १३. पुन्हा एकदा ११-१२ पायऱ्या पुन्हा करा, ट्यूब संपूर्ण चुंबकीय स्टँडवर ठेवा.
वेळ. १४. मॅग्नेटिक स्टँडवर ट्यूब उघडी ठेवून ठेवा आणि ट्यूब १-२ दिवस सुकू द्या.
इथेनॉलचे अवशेष बाष्पीभवन होण्यासाठी काही मिनिटे. मणी जास्त वाळवू नका. १५. चुंबकीय स्टँडमधून नळी काढा आणि मण्यांमध्ये २० लिटर न्यूक्लिएज-मुक्त पाणी घाला. १६. मणी पुन्हा टांगण्यासाठी पिपेट किंवा व्होर्टेक्स. ते ५ मिनिटे बसू द्या. १७. नळी १ मिनिटासाठी किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत चुंबकीय स्टँडवर ठेवा.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

१८. १८ लिटर सुपरनॅटंट नवीन नळीत परत आणा. मण्यांना त्रास होणार नाही याची काळजी घ्या. १९. सुपरनॅटंटमध्ये TELL-SeqTM लायब्ररी असते.
टीप: हा एक सुरक्षित थांबण्याचा मुद्दा आहे. शुद्ध केलेले TELL-Seq लायब्ररी -२५°C ते -१५°C तापमानात एका महिन्यासाठी साठवले जाऊ शकते.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

टार्गेट एनरिचमेंटसाठी लायब्ररी पात्र आणि क्वांटिफाइड करा

I.

उपभोग्य वस्तू

एजिलेंट हाय सेन्सिटिव्हिटी डीएनए किट किंवा टेपस्टेशन हाय सेन्सिटिव्हिटी डी५००० स्क्रीनटेप अॅसे

(वापरकर्ता) क्यूबिट डीएसडीएनए एचएस परख किट (वापरकर्ता) टीई बफर, पीएच ८.० (वापरकर्ता)

टीप:
इल्युमिना सिस्टीमसाठी मानक qPCR लायब्ररी क्वांटिटेशन परख TELL-Seq लायब्ररीसाठी कार्य करते, परंतु त्याची आवश्यकता नाही.

II. तयारी १. बायोअ‍ॅनालायझर किंवा टेपस्टेशन आणि क्यूबिटच्या आवश्यकतेनुसार आवश्यक उपभोग्य वस्तू तयार करा.
III. प्रक्रिया १. अ‍ॅजिलेंट हाय सेन्सिटिव्हिटी डीएनए किटसाठी १ लिटर लायब्ररी किंवा टेपस्टेशन हाय सेन्सिटिव्हिटी डी५००० स्क्रीनटेप अॅसेसाठी २ लिटर लायब्ररी वापरा. २. सेव्ह केलेले अस्वच्छ पीसीआर उत्पादन तपासा. Ampत्याच वेळी लायब्ररी विभागाचे लाईफिंग करा. अस्वच्छ पीसीआर उत्पादनात प्राइमर डायमर आणि अॅडॉप्टर डायमरची उच्च पातळी असू शकते. कमी मार्कर सिग्नलमध्ये व्यत्यय येऊ नये म्हणून बायोअ‍ॅनालायझर चिप किंवा टेपस्टेशन टेपवर लोड करण्यापूर्वी न्यूक्लियस-मुक्त पाण्याने दुप्पट पातळ करणे आवश्यक आहे. ३. चांगल्या आकाराच्या लायब्ररीमध्ये बहुतेक लायब्ररी तुकडे १००० बीपीपेक्षा कमी असावेत (आकृती १).

४. ग्रंथालय -२५°C ते -१५°C तापमानात साठवता येते. ५. १० पट पातळ केलेले TELL-SeqTM ग्रंथालय बनवा.ample: TELL-SeqTM लायब्ररीचे २ लिटर १८ लिटरने पातळ करा
न्यूक्लीज-मुक्त पाणी. क्यूबिट डीएसडीएनए एचएस अॅसे किटसह एकाग्रता तपासण्यासाठी 4 लिटर डायल्युटेड लायब्ररी वापरा.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

६. SureSelectXT HS टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टम प्रक्रियेत जाणाऱ्या प्रत्येक TELL-SeqTM लायब्ररीचे एकूण वस्तुमान मोजण्यासाठी सांद्रता (ng/L) आणि आकारमान वापरा. प्रति सेकंद ५०० ng -१,००० ng TELLSeqTM लायब्ररीampइष्टतम परिणामांसाठी le ची शिफारस केली जाते, परंतु लायब्ररी इनपुट 250 ng प्रति s इतके कमीampजरी कामगिरीवर नकारात्मक परिणाम होऊ शकतो तरी ते शक्य आहेत. टीप: हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चर प्रोटोकॉलसाठी व्हॉल्यूम मर्यादा आहेत. डीएनए इनपुटसाठी अनुमत कमाल व्हॉल्यूम १२ एल आहे. डीएनए लायब्ररी व्हॉल्यूम या श्रेणीत येईल याची खात्री करण्यासाठी काळजीपूर्वक विचार केला पाहिजे. आदर्शपणे, हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चर रिअॅक्शनमध्ये QC नंतर उपलब्ध असलेल्या सर्व TELL-Seq लायब्ररी मटेरियलचा वापर करा.
७. (पर्यायी) स्पीडव्हॅक व्हॅक्यूम कॉन्सन्ट्रेटर वापरून टेलि-सेकटीएम लायब्ररी केंद्रित करता येतात. जर स्पीडव्हॅक लायब्ररी केंद्रित करण्यासाठी वापरला जाणार असेल, तर टेलि-सेकटीएम लायब्ररी नंतर AMPचांगल्या पुनर्प्राप्तीसाठी किमान 30 लिटर न्यूक्लियस-मुक्त पाण्याने XP मण्यांमधून ure XP क्लीनअप काढता येते. QC नंतर, स्वच्छ TELL-SeqTM लायब्ररी हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चरसाठी इच्छित व्हॉल्यूममध्ये केंद्रित केली जाऊ शकते. टीप: इतर लक्ष्य समृद्धी प्रणाली वापरल्या जाऊ शकतात जसे की IDT आणि ट्विस्ट बायोसायन्सेस TELLSeqTM लायब्ररी तयार करून वापरल्या जाऊ शकतात. DNA इनपुट म्हणून TELL-SeqTM लायब्ररी वापरून निर्दिष्ट लक्ष्य समृद्धी प्रोटोकॉलचे अनुसरण करा. प्रत्येक प्रोटोकॉलमध्ये तपशीलवार ब्लॉकर्स व्यतिरिक्त TELL-SeqTM TargetSeq ब्लॉकरचा 5ul वापरा.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

B. निश्चित लक्ष्य संवर्धन निवडा
खालील प्रोटोकॉल हा इलुमिना पेअर-एंड मल्टीप्लेक्स्ड सिक्वेन्सिंग लायब्ररी प्रोटोकॉल (एजिलेंट, G9702-90000) साठी हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चर भाग SureSelect XT HS टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टमचा एक बदल आहे. सुधारणा TELL-SeqTM WGS लायब्ररी प्रेपची Agilent SureSelect XT HS टार्गेट एनरिचमेंट सिस्टम आणि सर्व एक्सॉन V8 कॅप्चर प्रोबसह सुसंगतता करण्यास अनुमती देतात. फक्त हायब्रिडायझेशन आणि कॅप्चरसाठी Agilent अभिकर्मक 16-प्रतिक्रिया स्वरूपात स्वतंत्रपणे खरेदी केले जाऊ शकतात (एजिलेंट भाग क्रमांक G9916B). इतर लक्ष्य समृद्धी प्रणाली वापरत असल्यास प्रत्येक प्रणालीसाठी निर्दिष्ट प्रोटोकॉलचे अनुसरण करा आणि DNA इनपुट म्हणून TELL-SeqTM लायब्ररीची जागा घ्या. प्रत्येक लक्ष्य समृद्धी प्रोटोकॉलमध्ये तपशीलवार ब्लॉकर्स व्यतिरिक्त TELL-SeqTM टार्गेट ब्लॉकर्सचा 5ul देखील आवश्यक आहे.

TELL-SeqTM लायब्ररीला Exome कॅप्चर पॅनेलमध्ये हायब्रिडाइज करा.

I. उपभोग्य वस्तू श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस आणि एक्सटी लो इनपुट ब्लॉकर मिक्स, १६ आरएक्सएन (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट)
एनरिचमेंट किट, आयएलएम हायब मॉड्यूल, बॉक्स २ (पीसीआरनंतर), सीएपी ब्लू) श्योरसिलेक्ट आरएनएस ब्लॉक, १६ आरएक्सएन (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट आयएलएम हायब
मॉड्यूल, बॉक्स २ (पोस्ट पीसीआर), सीएपी व्हायोलेट) श्योरसिलेक्ट फास्ट हायब्रिडायझेशन बफर, १६ आरएक्सएन (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट)
आयएलएम हायब मॉड्यूल, बॉक्स २ (पीसीआरनंतर), बाटली) टेलि-सेकटीएम टार्गेट ब्लॉकर (यूएसटी, टेलि-सेकटीएम टार्गेट ब्लॉकर बॉक्स, सीएपी व्हाइट) एसएसईएल एक्सटी एचएस आणि एक्सटी लो इनपुट ह्युमन ऑल एक्सॉन व्ही७ (एजिलेंट, एसएसईएल एक्सटी एचएस आणि एक्सटी लो इनपुट
ह्युमन ऑल एक्सॉन व्ही७, सीएपी रेड) न्यूक्लियस-मुक्त पाणी (वापरकर्ता) ०.२ मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता) टेलि-सेकटीएम लायब्ररी (वापरकर्ता)

इनपुट रक्कम प्रतिक्रिया व्हॉल्यूम (L)

500 -1,000 एन.जी

12 एल पर्यंत

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम

स्टोरेज सूचना

श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस आणि एक्सटी लो इनपुट ब्लॉकर मिक्स कॅप श्योरसिलेक्ट आरनेस ब्लॉक कॅप
SureSelect फास्ट हायब्रिडायझेशन बफर

-२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

बर्फावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. बर्फावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा.
वितळवून तपमानावर ठेवा

TELL-SeqTM टार्गेटसेक ब्लॉकर CAP
TELL-SeqTM डीएनए लायब्ररी SSel XT HS आणि XT लो इनपुट ह्युमन ऑल एक्सॉन V8 CAP

-२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी भोवरा, नंतर थोडक्यात सेंट्रीफ्यूज. बर्फावर ठेवा.
वितळवा आणि बर्फावर ठेवा. व्होर्टेक्स मिसळा, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

२. खालील प्रोग्राम वापरून थर्मो सायकलरवर (गरम झाकण चालू ठेवून) हायब्रिडायझेशन प्रोग्राम (HP) सेट करा. प्रोग्राम सुरू करा, नंतर ताबडतोब पॉज बटण दाबा, ज्यामुळे तुम्ही प्रतिक्रिया सेट करत असताना गरम झाकण तापमानापर्यंत पोहोचू शकेल.

विभाग क्रमांक १ २ ३
०६ ४०

चक्रांची संख्या १ १ १
०६ ४०

तापमान
95°C 65°C 65°C 65°C 37°C 65°C

वेळ
५ मिनिटे १० मिनिटे १ मिनिट १ मिनिट ३ सेकंद
धरा

III. प्रक्रिया १. तयार केलेल्या प्रत्येक TELL-SeqTM लायब्ररीच्या ५००१००० एनजी ठेवा.ample स्ट्रीप ट्यूबवेलमध्ये टाका आणि नंतर गरज भासल्यास न्यूक्लीज-मुक्त पाण्याचा वापर करून प्रत्येक विहिरीतील अंतिम खंड 12 μl वर आणा. आदर्शपणे एकूण करा amp५००१००० एनजी श्रेणीमध्ये, TELL-SeqTM लायब्ररी डीएनए लिफाइड करा आणि संकरण अभिक्रियेसाठी सर्व वापरा. २. प्रत्येक TELL-SeqTM लायब्ररीसाठीampबरं, ५ µl SureSelect XT HS आणि XT लो इनपुट ब्लॉकर मिक्स घाला आणि ५ µl TELL-SeqTM टार्गेट ब्लॉकर घाला. विहिरी बंद करा आणि नंतर ५ सेकंदांसाठी उच्च वेगाने व्होर्टेक्स करा. द्रव गोळा करण्यासाठी स्ट्रिप ट्यूब थोड्या वेळाने फिरवा जेणेकरून कोणतेही बुडबुडे बाहेर पडतील. ३. नळ्या थर्मल सायकलरमध्ये स्थानांतरित करा आणि HP प्रोग्राम सेटअप पुन्हा सुरू करण्यासाठी प्ले बटण दाबा.
टीप:
सेगमेंट 3 (HP पहा) दरम्यान थर्मल सायकलरला विराम देणे आवश्यक आहे जेणेकरुन हायब्रिडायझेशन विहिरींमध्ये अतिरिक्त अभिकर्मक जोडता येतील, चरण 6 मध्ये वर्णन केले आहे. थर्मल सायकलिंग प्रोग्रामच्या विभाग 1 आणि 2 दरम्यान, मध्ये वर्णन केल्याप्रमाणे अतिरिक्त अभिकर्मक तयार करणे सुरू करा. पायरी 4 आणि पायरी 5. आवश्यक असल्यास, सेगमेंट 3 मध्ये थर्मल सायकलरला विराम दिल्यानंतर तुम्ही या तयारीच्या पायऱ्या पूर्ण करू शकता.

४. खालील तक्त्यानुसार, २५% श्योरसिलेक्ट आरनेस ब्लॉकचे द्रावण तयार करा (ज्यामध्ये १ खंड आरनेस ब्लॉक आणि ३ खंड पाणी असेल). रनमध्ये संकरित अभिक्रियांच्या संख्येसाठी आवश्यक असलेली रक्कम आणि जास्तीची रक्कम तयार करा.

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)

अभिकर्मक

१ साठी आकारमान ८ अभिक्रियांसाठी आकारमान २४ अभिक्रियांसाठी आकारमान

प्रतिक्रिया

(जादा समाविष्ट आहे)

(जादा समाविष्ट आहे)

श्योरसिलेक्ट आरनेस ब्लॉक कॅप

६७ एल

६७ एल

६७ एल

Nuclease- मुक्त पाणी

६७ एल

६७ एल

६७ एल

५. कॅप्चर लायब्ररी हायब्रिडायझेशन मिक्स खालील क्रमाने तयार करा.

अभिकर्मक

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

1 प्रतिक्रियेसाठी खंड

25% RNase ब्लॉक सोल्यूशन

६७ एल

SSel XT HS आणि XT लो इनपुट ह्युमन ऑल एक्सॉन V7 CAP

६७ एल

SureSelect फास्ट हायब्रिडायझेशन बफर

६७ एल

८ प्रतिक्रियांसाठी आकारमान (यामध्ये समाविष्ट आहे
जास्त) १८ लिटर
६७ एल
६७ एल

८ प्रतिक्रियांसाठी आकारमान (यामध्ये समाविष्ट आहे
जास्त) १८ लिटर
६७ एल
६७ एल

खोलीच्या तपमानावर सूचीबद्ध अभिकर्मक एकत्र करा. ५ सेकंदांसाठी उच्च वेगाने व्होर्टेक्सिंग करून चांगले मिसळा आणि नंतर थोड्या वेळाने खाली फिरवा. लगेच चरण ६ वर जा. ६. थर्मल सायकलरने HP चा सेगमेंट ३ सुरू केल्यानंतर (६५°C वर १ मिनिट), पॉज बटण दाबा. सायकलर थांबवून आणि DNA + ब्लॉकर s धरून ठेवा.amples in the cycler, 13 µl खोलीचे तापमान- कॅप्चर लायब्ररी हायब्रिडायझेशन मिक्स चरण 6 पासून प्रत्येक s मध्ये हस्तांतरित कराampचांगले. ८ ते १० वेळा हळूहळू वर आणि खाली पाईप टाकून चांगले मिसळा. हायब्रिडायझेशन रिअॅक्शन विहिरींमध्ये आता अंदाजे ३५ µl ७ असते. सर्व विहिरी पूर्णपणे सील केल्या आहेत याची खात्री करा. थोड्या वेळाने व्होर्टेक्स करा, नंतर विहिरींच्या तळाशी असलेले कोणतेही बुडबुडे काढण्यासाठी स्ट्रिप ट्यूब थोड्या वेळाने फिरवा. स्ट्रिप ट्यूब ताबडतोब थर्मल सायकलरकडे परत करा. ८. तयार केलेल्या डीएनएचे हायब्रिडायझेशन करण्यास अनुमती देण्यासाठी थर्मल सायकलिंग प्रोग्राम पुन्हा सुरू करण्यासाठी प्ले बटण दाबा.ampकॅप्चर लायब्ररीकडे जा.

Streptavidin-लेपित चुंबकीय मणी तयार करा

I. उपभोग्य वस्तू डायनाबीड्स मायवन स्ट्रेप्टाव्हिडिन T1 (वापरकर्ता) श्योरसिलेक्ट बाइंडिंग बफर (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट XT HS टार्गेट एनरिचमेंट किट ILM हायब मॉड्यूल,
बॉक्स १ (पीसीआर नंतर), सीएपी)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम

स्टोरेज

Dynabeads MyOne Streptavidin T1

2°C ते 8°C

श्योरसिलेक्ट बाइंडिंग बफर, CAP

खोलीचे तापमान

सूचना
जोमाने सेंट्रीफ्यूज करा. खोलीच्या तपमानावर ठेवा.
खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

III. प्रक्रिया १. डायनाबीड्स मायवन स्ट्रेप्टाव्हिडिन T1 चुंबकीय मणी व्हर्टेक्स मिक्सरवर जोमाने पुन्हा सस्पेंशन करा. चुंबकीय मणी साठवणुकीदरम्यान स्थिर होतात. २. प्रत्येक संकरीकरणासाठीampले, ताज्या पीसीआर प्लेट किंवा स्ट्रिप ट्यूबच्या विहिरींमध्ये ५० μl पुन्हा सस्पेंड केलेले मणी घाला. ३. २०० μl श्योरसिलेक्ट बाइंडिंग बफर घालून मणी धुवा. २० वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून मिसळा किंवा विहिरी बंद करा आणि ५१० सेकंदांसाठी उच्च वेगाने व्होर्टेक्स करा. ४. प्लेट किंवा स्ट्रिप ट्यूब चुंबकीय विभाजक उपकरणात ठेवा.

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

५. कमीत कमी ५ मिनिटे किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत थांबा, नंतर सुपरनॅटंट काढून टाका.
६. एकूण ३ वॉशसाठी पायऱ्या ३-५ आणखी दोन वेळा पुन्हा करा. ७. २०० µl श्योरसिलेक्ट बाइंडिंग बफरमध्ये मणी पुन्हा लावा.

स्ट्रेप्टाव्हिडिन-लेपित मणी वापरून हायब्रिडाइज्ड डीएनए कॅप्चर करा

I. उपभोग्य वस्तू श्योरसिलेक्ट वॉश बफर १, १६ आरएक्सएन (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट आयएलएम हायब मॉड्यूल, बॉक्स १ (पोस्ट पीसीआर), सीएपी) श्योरसिलेक्ट वॉश सीएपी बफर २, १६ आरएक्सएन (एजिलेंट, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट आयएलएम हायब मॉड्यूल, बॉक्स १ (पोस्ट पीसीआर), सीएपी)
II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम श्योरसिलेक्ट वॉश बफर १, कॅप श्योरसिलेक्ट वॉश बफर २, कॅप

स्टोरेज रूम तापमान खोलीचे तापमान

सूचना खोलीच्या तपमानावर ठेवा. ७०°C वर २०० µl अलिकोट गरम करा. पायरी ४ पहा.

III. प्रक्रिया १. संकरीकरण चरण पूर्ण झाल्यानंतर आणि थर्मल सायकलर ६५°C होल्ड चरणावर पोहोचल्यानंतर, s स्थानांतरित कराampखोलीच्या तापमानाला कमी तापमान द्या. २. प्रत्येक संकरित मिश्रणाचा संपूर्ण आकारमान (अंदाजे ३० µl) ताबडतोब मल्टीचॅनेल पिपेट वापरून २०० µl धुतलेले स्ट्रेप्टाव्हिडिन मणी असलेल्या विहिरींमध्ये हलवा. मिसळण्यासाठी पिपेट ५८ वेळा वर आणि खाली करा. ३. कॅप्चर स्ट्रिप ट्यूबला ९६-वेल प्लेट मिक्सरवर (१४००१८०० आरपीएमवर) किंवा रोटेटरवर ३० मिनिटे खोलीच्या तपमानावर जोमाने मिसळा. खात्री करा की एसampविहिरींमध्ये योग्यरित्या मिसळत आहेत. ४. उष्मायनानंतर लगेचच पुढील चरणावर जा. कॅप्चरसाठी ३० मिनिटांच्या उष्मायन दरम्यान, खाली वर्णन केल्याप्रमाणे ७०°C वर SureSelect Wash Buffer 4 ला पूर्व-गरम करा. ताज्या ९६-वेल प्लेट किंवा स्ट्रिप ट्यूबच्या विहिरींमध्ये वॉश बफर 30 चे २०० µl अलिकोट ठेवा. प्रत्येक DNA साठी बफरचे ६ अलकोट विहिरीampविहिरींना झाकण लावा आणि नंतर थर्मल सायकलरमध्ये गरम झाकण चालू ठेवून, ५ मध्ये वापरेपर्यंत ७०°C वर ठेवा. पायरी ३ मध्ये सुरू केलेला ३०-मिनिटांचा उष्मायन कालावधी पूर्ण झाल्यावर, s फिरवा.ampद्रव गोळा करण्यासाठी थोडा वेळ घ्या. ६. मणी गोळा करण्यासाठी स्ट्रिप ट्यूबला चुंबकीय विभाजकात ठेवा. द्रावण स्वच्छ होईपर्यंत वाट पहा, नंतर सुपरनॅटंट काढून टाका आणि टाकून द्या. ७. २०० µl श्योरसिलेक्ट वॉश बफर १ मध्ये मणी पुन्हा सस्पेंशन करा. मणी पूर्णपणे पुन्हा सस्पेंशन होईपर्यंत १५२० वेळा वर आणि खाली पाईपेट करून मिसळा. ८. स्ट्रिप ट्यूबला चुंबकीय विभाजकात ठेवा. द्रावण साफ होईपर्यंत वाट पहा (अंदाजे १ मिनिट), नंतर सुपरनॅटंट काढा आणि टाकून द्या. ९. स्ट्रिप ट्यूबला चुंबकीय विभाजकातून काढा आणि खोलीच्या तपमानावर रॅकमध्ये स्थानांतरित करा. २०० µl ७०°C प्री-वॉर्म्ड वॉश बफर २ मध्ये मणी पुन्हा सस्पेंशन करा. पिपेट वर करा
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

आणि १५२० वेळा कमी करा, जोपर्यंत मणी पूर्णपणे पुन्हा निलंबित होत नाहीत. विहिरींना ताज्या कॅप्सने सील करा आणि नंतर ८ सेकंदांसाठी उच्च वेगाने व्होर्टेक्स फिरवा. मणींना गोळ्या न लावता द्रव गोळा करण्यासाठी प्लेट किंवा स्ट्रिप ट्यूब थोडक्यात फिरवा. १०. एस. इनक्युबेशन करा.ampगरम झाकण लावून थर्मल सायकलरवर ७०°C वर ५ मिनिटे ठेवा. ११. खोलीच्या तपमानावर चुंबकीय विभाजकात स्ट्रिप ट्यूब ठेवा. द्रावण साफ होईपर्यंत १ मिनिट वाट पहा, नंतर सुपरनॅटंट काढा आणि टाकून द्या. १२. एकूण ६ वॉशसाठी ९-११ पायऱ्या आणखी पाच वेळा पुन्हा करा. १३. सर्व वॉश बफर काढून टाकले आहेत याची पडताळणी केल्यानंतर, प्रत्येक सेकंदात २५ µl न्यूक्लियस-मुक्त पाणी घाला.ampचांगले. मणी पुन्हा निलंबित करण्यासाठी 8 वेळा वर आणि खाली पिपेट करा. एसamples आधी बर्फावर साठवले जाऊ शकते ampबंधन
Amplify कॅप्चर केलेली लायब्ररी

I. उपभोग्य वस्तू 5× हरक्यूलेज II रिएक्शन बफर (एजिलेंज, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट, आयएलएम हायब मॉड्यूल बॉक्स 2 (पोस्ट पीसीआर), सीएपी क्लियर) हरक्यूलेज II फ्यूजन डीएनए पॉलिमरेज (एजिलेंज, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट, आयएलएम हायब मॉड्यूल बॉक्स 2 (पोस्ट पीसीआर), सीएपी रेड) 100 एमएम डीएनटीपी मिक्स, (एजिलेंज, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट, आयएलएम हायब मॉड्यूल बॉक्स 2 (पोस्ट पीसीआर), सीएपी ग्रीन) श्योरसिलेक्ट पोस्ट-कॅप्चर प्राइमर मिक्स (एजिलेंज, श्योरसिलेक्ट एक्सटी एचएस टार्गेट एनरिचमेंट किट, आयएलएम
हायब मॉड्यूल बॉक्स २ (पीसीआर नंतर), कॅप क्लिअर)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम

स्टोरेज सूचना

५× हरक्यूलेज II रिएक्शन बफर CAP हरक्यूलेज II फ्यूजन डीएनए पॉलिमरेज CAP १०० mM dNTP मिक्स CAP श्योरसिलेक्ट पोस्ट-कॅप्चर प्रायमर मिक्स CAP

-२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C -२५°C ते -१५°C

खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी भोवरा, नंतर थोडक्यात सेंट्रीफ्यूज. बर्फावर ठेवा.
सेंट्रीफ्यूज थोडक्यात. बर्फावर ठेवा.
खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा. खोलीच्या तपमानावर वितळवा. मिक्स करण्यासाठी व्होर्टेक्स, नंतर थोड्या वेळासाठी सेंट्रीफ्यूज करा. बर्फावर ठेवा.

२. थर्मो सायकलरवर खालील प्रोग्राम सेट करा: · ९८°C २ मिनिटे · [९८°C ३० सेकंद, ६३°C ३० सेकंद, ७२°C १ मिनिट] x ९ · ७२°C ५ मिनिटे · ४°C कायमचे

IV. प्रक्रिया १. योग्य प्रमाणात PCR अभिक्रिया मिश्रण तयार करा. अभिक्रियांच्या संख्येनुसार PCR ट्यूबमध्ये खालील अभिकर्मक घाला.

अभिकर्मक

प्रति प्रतिक्रिया आकारमान (L)

२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

1 प्रतिक्रियेसाठी खंड

न्यूक्लियस-मुक्त पाणी 5× हरक्यूलेज II रिएक्शन बफर CAP हरक्यूलेज II फ्यूजन डीएनए पॉलिमरेज CAP 100 mM dNTP मिक्स CAP श्योरसिलेक्ट पोस्ट-कॅप्चर प्रायमर मिक्स CAP

12.5 L 10 L 1 L 0.5 L 1 L

८ प्रतिक्रियांसाठी आकारमान (यामध्ये समाविष्ट आहे
जास्त)
112.5 L 90 L 9 L 4.5 L 9 L

८ प्रतिक्रियांसाठी आकारमान (यामध्ये समाविष्ट आहे
जास्त)
312.5 L 250 L 25 L 12.5 L 25 L

२. योग्य प्रमाणात पीसीआर अभिक्रिया मिश्रण तयार करा. अभिक्रियांच्या संख्येनुसार पीसीआर ट्यूबमध्ये खालील अभिकर्मक जोडा. तक्ता २९ मध्ये तयार केलेल्या पीसीआर अभिक्रिया मिश्रणाचे २५ µl प्रत्येक स्कोअरमध्ये घाला.ample विहीर ज्यामध्ये 25 µl मणी-बद्ध लक्ष्य-समृद्ध DNA (पृष्ठ 26 वर तयार केलेले आणि बर्फावर धरलेले).
३. मणी सस्पेंशन एकसंध होईपर्यंत वर आणि खाली पाईप टाकून पीसीआर अभिक्रिया चांगल्या प्रकारे मिसळा. स्प्लॅशिंग टाळा.ampविहिरीच्या भिंतींवर लेस; s फिरवू नकाampया टप्प्यावर les.
४. थर्मल सायकलरवर ट्यूब ठेवा आणि योग्य संख्येने सायकलसह प्रोग्राम (वर पहा) चालवा.
५. जेव्हा पीसीआर ampलिफिकेशन प्रोग्राम पूर्ण झाला आहे, स्ट्रिप ट्यूब थोडक्यात फिरवा. खोलीच्या तपमानावर चुंबकीय स्टँडवर प्लेट किंवा स्ट्रिप ट्यूब ठेवून स्ट्रेप्टाव्हिडिन-कोटेड मणी काढा. द्रावण साफ होण्यासाठी 2 मिनिटे प्रतीक्षा करा, नंतर प्रत्येक सुपरनेटंट (अंदाजे 50 μl) स्ट्रिप ट्यूबच्या विहिरीमध्ये काढा.

कॅप्चर केलेली लायब्ररी साफ करा

आय. उपभोग्य वस्तू AMPure XP (वापरकर्ता) आण्विक जीवशास्त्रासाठी इथेनॉल २०० प्रूफ (परिपूर्ण) (वापरकर्ता) न्यूक्लियस-मुक्त पाणी (वापरकर्ता) TE बफर, pH 200 (वापरकर्ता) 8.0 मिली पीसीआर ट्यूब किंवा स्ट्रिप ट्यूब (वापरकर्ता)

II. तयारी १. खालील उपभोग्य वस्तू तयार करा:

आयटम

स्टोरेज

सूचना

ताजे 75% (v/v) इथेनॉल AMPure XP न्यूक्लियस-मुक्त पाणी

खोलीचे तापमान २°C ते ८°C खोलीचे तापमान

प्रति सेकंद ४०० लिटर आवश्यक आहेample. १.५ मिली इथेनॉल (२०० प्रूफ) ०.५ मिली न्यूक्लियस-मुक्त पाण्यात मिसळा. व्होर्टेक्स मिसळा आणि खोलीच्या तपमानावर ठेवा. ते कमीत कमी २० मिनिटे खोलीच्या तपमानावर आणा आणि वापरण्यापूर्वी मणी पुन्हा सस्पेंशन करण्यासाठी व्होर्टेक्स जोमाने हलवा. खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

TE बफर, pH 8.0

खोलीचे तापमान खोलीच्या तपमानावर ठेवा.

III. प्रक्रिया १. सेंट्रीफ्यूजमध्ये ~१ सेकंदाच्या जलद फिरकीने द्रावण खाली आणा.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

६. पुन्हा निलंबित करण्यासाठी जोरदारपणे भोवरा AMPure XP द्रावण तयार करा आणि ७८ लिटर घाला. AMPप्रत्येक पीसीआर उत्पादनामध्ये ure XP.
७. १० वेळा वर आणि खाली पाईप टाकून मिसळा. ८. खोलीच्या तपमानावर ५ मिनिटे उबवा. ९. ट्यूबला चुंबकीय स्टँडवर १ मिनिट किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ठेवा. १०. सुपरनॅटंटला अ‍ॅस्पिरेट करा आणि त्रास न देता टाकून द्या. AMPure मणी. ११. ट्यूब चुंबकीय स्टँडवर ठेवताना, २०० लिटर ताजे तयार केलेले ७५% इथेनॉल घाला.
ट्यूबमध्ये टाका. ते ३० सेकंदांसाठी बसू द्या. १२. मण्यांना त्रास न देता सुपरनॅटंट अ‍ॅस्पिरेट करा आणि टाकून द्या. १३. पुन्हा एकदा ११-१२ पायऱ्या पुन्हा करा, ट्यूब संपूर्ण चुंबकीय स्टँडवर ठेवा.
वेळ. १०. मॅग्नेटिक स्टँडवर ट्यूब उघडी ठेवून ठेवा आणि ट्यूब १-२ दिवस सुकू द्या.
इथेनॉलचे अवशेष बाष्पीभवन होण्यासाठी काही मिनिटे. मणी जास्त वाळवू नका. ११. चुंबकीय स्टँडमधून ट्यूब काढा आणि मण्यांमध्ये २५ लिटर TE बफर घाला. १२. मणी पुन्हा सस्पेंशन करण्यासाठी पिपेट किंवा व्होर्टेक्स. ते ५ मिनिटे बसू द्या. १३. चुंबकीय स्टँडवर १ मिनिट किंवा द्रावण स्पष्ट होईपर्यंत ट्यूब ठेवा. १४. २३ लिटर सुपरनॅटंट नवीन ट्यूबमध्ये पुनर्प्राप्त करा. मण्यांना त्रास होणार नाही याची काळजी घ्या. १५. सुपरनॅटंटमध्ये कॅप्चर केलेला TELL-SeqTM लायब्ररी आहे.
टीप:
हा एक सुरक्षित स्टॉपिंग पॉइंट आहे. कॅप्चर केलेली TELL-Seq लायब्ररी सहा महिन्यांसाठी -25°C ते -15°C तापमानात साठवली जाऊ शकते.
अनुक्रमणासाठी कॅप्चर केलेली लायब्ररी पात्र आणि प्रमाणीकरण करा
I. उपभोग्य वस्तू अ‍ॅजिलेंट बायोअनालायझर उच्च संवेदनशीलता डीएनए किट किंवा टेपस्टेशन उच्च संवेदनशीलता डी५००० स्क्रीनटेप परख (वापरकर्ता)
क्यूबिट डीएसडीएनए एचएस परख किट (वापरकर्ता) टीई बफर, पीएच ८.० (वापरकर्ता)
II. तयारी १. बायोअ‍ॅनालायझर किंवा टेपस्टेशन आणि क्यूबिटच्या आवश्यकतेनुसार आवश्यक उपभोग्य वस्तू तयार करा.
III. प्रक्रिया १. अ‍ॅजिलेंट बायोअ‍ॅनालिझर हाय सेन्सिटिव्हिटी डीएनए किटसाठी १ लिटर लायब्ररी किंवा टेपस्टेशन हाय सेन्सिटिव्हिटी डी५००० स्क्रीनटेप अॅसेसाठी २ लिटर लायब्ररी वापरा. २. लायब्ररीची एकाग्रता निश्चित करण्यासाठी, बायोअ‍ॅनालिझर किंवा टेपस्टेशन विश्लेषण सॉफ्टवेअरवर प्रदेश १५० बीपी ते १००० बीपी पर्यंत सेट करा. रेकॉर्ड एसampया प्रदेशासाठी एकाग्रता (nM) (आकृती 2 पहा). लायब्ररीचा आकार निश्चित करण्यासाठी, प्रदेश 150 bp वरून 3000 bp वर सेट करा. रेकॉर्ड एसampलायब्ररीचा आकार म्हणून सरासरी आकार (bp).
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

सावधानता: सिक्वेन्सिंगसाठी आवश्यक डायल्युशन किंवा लायब्ररी पूलिंग करण्यासाठी बायोअनालायझर (किंवा टेपस्टेशन) मधील एकाग्रता वाचन प्रारंभ बिंदू म्हणून वापरले पाहिजे. क्यूबिट डीएसडीएनए एचएस अॅसे किटसह अंतिम डायल्युशन सिक्वेन्सिंग लायब्ररी किंवा लायब्ररी पूलची एकाग्रता सत्यापित करा (पायरी 6 पहा).
३. लायब्ररी ताबडतोब क्रमबद्ध केली जाऊ शकते किंवा -२५°C ते -१५°C तापमानात साठवली जाऊ शकते. ४. अनुक्रमांकन करताना, TE बफर वापरून लायब्ररीला शिफारस केलेल्या एकाग्रतेपर्यंत पातळ करा.
प्रत्येक इल्युमिना® सिक्वेन्सिंग सिस्टम. जर एकाच वेळी एकापेक्षा जास्त लायब्ररी सीक्वेन्स केल्या जातील तर सिक्वेन्सिंगसाठी डायल्युएटेड लायब्ररी पूल बनवा. ५. क्यूबिट डीएसडीएनए एचएस एसे किटने लायब्ररी कॉन्सन्ट्रेसन मोजा. वस्तुमान एकाग्रतेचे मोलर कॉन्सन्ट्रेसन (nM) मध्ये रूपांतर करण्यासाठी लायब्ररी आकार म्हणून बायोअनालायझर (किंवा टेपस्टेशन) मापनातील सरासरी आकार मूल्य वापरा. A = वस्तुमान एकाग्रता (ng/µL) S = लायब्ररी आकार (bp) मोलर कॉन्सन्ट्रेसन (nM) = (A*5)/(S*1,000,000) जर क्यूबिटने मोजलेली लायब्ररी कॉन्सन्ट्रेसन शिफारस केलेल्या एकाग्रतेपेक्षा १०% पेक्षा जास्त वेगळी असेल तर सिक्वेन्सिंग तयारीमध्ये आवश्यक असलेला आवाज समायोजित करा.
२ १०००३२-यूएसजी व्ही५.०

कागदपत्रे / संसाधने

युनिव्हर्सल सिक्वेन्सिंग १०००३५ टेल सेक लक्ष्य समृद्धी [pdf] वापरकर्ता मार्गदर्शक
१०००३५, १०००३६, १०००३७, १०००३८, १०००३५ TELL Seq लक्ष्य समृद्धी, १०००३५, TELL Seq लक्ष्य समृद्धी, Seq लक्ष्य समृद्धी, लक्ष्य समृद्धी

संदर्भ

एक टिप्पणी द्या

तुमचा ईमेल पत्ता प्रकाशित केला जाणार नाही. आवश्यक फील्ड चिन्हांकित आहेत *